Poderosaの設定ファイルは以下の場所にあります。
(1) 通常版
C:\ユーザー\[ユーザ名]\AppData\Roaming\Poderosa\poderosa.json
（Windowsの環境によってはこのパスではなかったり、隠し属性になっていてエクスプローラからは見えなかったりすることがあります）
(2) ポータブル版
実行ファイルのPoderosa.exeと同一のディレクトリ
また、最後に正常に読み込めた設定ファイルのバックアップが、poderosa_backup.jsonファイルにあります。
もし設定ファイルの作用で動作がおかしくなったと思われる場合は、これらのファイルを消去して初期状態で起動することで復帰することを試みてください。