SSHの秘密鍵を使うたびにパスフレーズを入力するのは面倒なので、pageantのようなツールがよく利用されます。
しかし、pageantは他のプロセスからの要求で任意のデータに秘密鍵による署名をして返送してしまうので、悪意あるプロセスを実行してしまうとセキュリティ上問題になる欠点があります。（その場合でも秘密鍵自体が漏えいしてしまうわけではありませんが、危険は危険です）
Poderosaでは、プロセス間通信は行わないのでこの心配はありません。代わりに、鍵を使うときのパスフレーズ入力画面で次のようなオプションがあります。
ここで、パスフレーズの記憶を「Poderosaを終了するまで」にすれば、同じ鍵についてはメモリ上に記憶したパスフレーズを自動的に使うので、毎回入力する必要はありません。「60分間記憶」という、毎回入力するのと手間・セキュリティとも中間になる選択肢もあります。
なおPoderosaは、パスフレーズや秘密鍵自体を他のプロセスに出力することは設定ファイルへの書き出しも含めて一切ありません。秘密鍵ファイルのパスは設定ファイルへ書きますが、記憶するパスの個数は設定できるので、これを０にすればパスも含めて出力しません。